Domů Výzkumné skupiny Skupina vzdálené hybridizace

Skupina vzdálené hybridizace

Naše skupina se zabývá rozličnými aspekty mezidruhového a mezirodového křížení a polyploidizace u rostlin. Ke studiu genomového složení kříženců, jejich evoluce a stability využíváme metod molekulární cytogenetiky, cytometrie, bioinformatiky, genomiky a molekulární biologie. Našimi objekty jsou kříženci trav kostřav a jílků (Festulolium) a kříženci pšenice a žita (Tritikále a jeho deriváty) a pšenice a ječmene (Tritordeum).

Do bližšího okruhu našich zájmů spadá především:
 

  •           meiotické dělení a stabilita genomu kříženců
  •           3D organizace hybridního jádra
  •           genová exprese u kříženců 
V rámci našeho zájmu o studium meiózy jsme připravili ilustraci meiotického cyklu na příkladu kříženců Lolium x Festuca.

Jsme členy organizace Eucarpia, sekce Krmné plodiny a Okrasné trávy - odkaz
Zpět do výzkumných skupin

Novinky:

  • Červen, 2022: Naše review "Interspecific hybridization and plant breeding: From historical retrospective through work of Mendel to current crops​" bylo publikováno v časopise Czech Journal of Genetics and Plant Breeding. (link)
  • Březen 2022: Hledáme nového PhD studenta! Více informací v odkazu. (link)
  • Březen, 2022: Náš projekt "Cytonuclear interactions in plant auto- and allopolyploids" byl zafinancován Grantovou Agenturou České republiky (GAČR) na období 2022-2024.
  • Březen, 2022: Náš článek o genomové dominanci v křížencích cibule (Allium) byl opublikován. (link)
  • Únor, 2022: Kateřina Perničková opustila naši skupinu. Katko, přejeme mnoho štěstí v další práci!
  • Leden, 2022: Joanně se narodilo miminko! Vítáme malou Lauru! 
  • Prosinec, 2021: Náš spoluřešitelský projekt 'Ultimate screening of wild barley genomes for panicoid DNA: a further step towards delimiting the foreign-ome in Hordeum' byl zafinancován Grantovou Agenturou České republiky (GAČR) na období 2022-2024.
  • Září 15, 2021: Marek vyhrál cenu za  'best talk' na Czech Plant Nucleus Workshop. Skvělá práce, gratulujeme!!!
  • Září 10, 2021: Marek Glombik úspěšně obhájil svou dizertační práci a získal titul Doctor of Philosophy (Ph.D.). Gratulujeme!!!
  • Září 1, 2021: Jana Szecówka (Kneřová) se připojila k našemu týmu na pozici postdoc. Hodně štěstí v následující věděcké práci, Jano!!
  • Srpen 5, 2021: Náš článek "Reciprocal allopolyploid grasses (Festuca × Lolium) display stable patterns of genome dominance" byl publikován v časopise The Plant Journal (link)
  • Červen 22, 2021: Kateřina Perničková úspěšně obhájila svou dizertační práci a získala titul Doctor of Philosophy (Ph.D.). Gratulujeme!!!
  • Květen 27, 2021: David a Arek Kosmala (IGR, Poznan, Polsko) sestavili knihu o Festuloliu ze 14 výzkumných článků zaměřených na genetiku, fyziologii, ekologii a šlechtitelský přínos tohoto významného křížence (pdf verze dostupná zde).
  • Květen 17, 2021: Článek Karola Kraka s Davidovým přínosem o perzistenci horizontálně přenesených nrDNA v hostitelských genomech rodu Hordeum byl publikován ve Frontiers in Plant Science (link)
  • Březen 15, 2021: Nový článek Václava Mahelky a Jana Šafáře s naším přispěním o záhadném fragmentu DNA prosa v genomu planých ječmenů byl zveřejněn jako highlight paper v časopise Plant Journal s Davidovým obrázkem na přebalu čísla (link).
  • Únor 22, 2021: Nový článek Prof. Trnky a jeho kolegů s naším přispěním popisuje, jak budeou vypadat podmínky pro pěstování trav v blízké budoucnosti a doporučuje druhy, které by se měly dostat do hledáčku šlechtitelů (link).
  • Únor 2, 2021: Naše publikace o chromatidové a crossover interferenci s pozoruhodnými obrázky meiózy byla publikována v Journal of Experimental Botany (link).
  • Únor 1, 2021: David byl jmenován docentem na Univerzitě Karlově v Praze.
  • Leden 10, 2021: David byl jmenován editorem v časopisu Cytogenetic and Genome Research, publikujícím články týkající se lidské, zvířecí, a rostlinné cytogenetiky, včetně klinické, molekulární a srovnávací cytogenetiky (link).
  • Leden 7, 2021: Meeting EUCARPIA, sekce Fodder Crops and Amenity Grasses se bude konat 5.-9. září 2021 ve Freisingu, Německo. Pro registraci, submitování článků a další info navštivte webové stránky (zde).
  • Prosinec 17, 2020: Náš článek "Hormonal responses associated with acclimation to freezing stress in Lolium perenne" byl uveřejněn v časopise Environmental and Experimental Botany. (full text).
  • Říjen 7, 2020: Náš článek "Spontaneous natural formation of interspecific hybrids within the Festuca-Lolium complex" byl uveřejněn v časopise Biologia Plantarum. (full text).
  • Září 7, 2020: Naše dva články "Drought tolerance and regrowth capacity revealed in the Festuca-Lolium complex" a "Cytogenetic insights into Festulolium" byly uveřejněny ve speciálním vydání časopise Biologia Plantarum věnovaném Festuloliu. K přečtení zde a zde.
  • Srpen 20, 2020: Náš článek "Triploid forage grass hybrids Festuca apennina x F. pratensis display extraordinary heterosis for yield characteristics" byl uveřejněn v časopise Euphytica. (full text)
  • Červenec 9, 2020: Článek Radima Svačiny, Pierra Sourdille, Davida Kopeckého a Jana Bartoše o párování chromozomů u allopolyploidů byl uveřejněn v časopise Frontiers in Plant Science. (full text)
  • Červen 17, 2020: Článek Jany Zwyrtkové a kolegů o repetitivních elementech u trav byl uveřejněn v časopise BMC Plant Biology. (full text)
  • Únor, 2020: Vítáme naši novou kolegyni, Joannu Majka, na pozici postdoca.
  • Únor 25, 2020: Náš článek "Competition of Parental Genomes in Plant Hybrids" byl uveřejněn v časopise Frontiers in Plant Science. (full text)
  • Prosinec, 2019: Náš projekt o kompetici rodičovských genomů u kříženců rostlin byl podpořen Grantovou Agenturou České republiky (GAČR), počínaje lednem 2020.
  • Srpen 23, 2019: Náš článek "Nuclear Disposition of Alien Chromosome Introgressions into Wheat and Rye Using 3D-FISH" byl uveřejněn v časopise International Journal of Molecular Sciences. (full text)
  • Srpen 15, 2019: Marco Tulio Ferreira dokončil svou roční stáž v naší skupině. Přejeme hodně zdaru v budoucí kariéře!
  • Červen 26, 2019: David byl zvolen novým předsedou Eucarpie, sekce Krmné Plodiny a Okrasné Trávy.
  • Červen 24, 2019: Naše články byly uveřejněny v Grassland Science in Europe 24: 259-261 (Genome organization and (in)stability of wide hybrids) and 321-323 (Multi-species phenotyping of drought in the Festuca-Lolium complex).
  • Červen 04, 2019: Náš článek "Selective Elimination of Parental Chromatin from Introgression Cultivars of xFestulolium (Festuca×Lolium)" byl uveřejněn ve zvláštním vydání časopisu Sustainability, Grass Traits for Ecosystem Services and Sustainability editovaném profesorem Mikem Humphreys. (full text)
  • Květen 08, 2019: Článek "Accessing a Russian Wheat Aphid Resistance Gene in Bread Wheat by Long-Read Technologies" Hany Šimkové a jejich kolegů s malým příspěvkem Davida byl uveřejněn v časopise Plant Genome. Gratulace skupině H. Šimkové! (full text)
  • Duben 25, 2019: Článek "Misdivision of Telocentrics and Isochromosomes in Wheat" Davida Kopeckého a Adama Lukaszewského byl vyzdvihnut v časopise Cytogenetic and Genome Research jako "Výběr redakce". (full text)
  • Duben 10, 2019: Náš článek "Inter-morphotype hybridization in tall fescue (Festuca arundinacea Schreb.): Exploration of meiotic irregularities and potential for breeding" byl přijat do tisku v časopisu Euphytica. (full text)
  • Březen 19, 2019: Náš článek "Positioning of rye introgressions in somatic nuclei of wheat and its possible association with meiotic instability" byl uveřejněn v časopisu International Journal of Molecular Sciences. (full text)
  • Únor 25, 2019: Náš článek "Out-of-position telomeres in meiotic leptotene appear responsible for chiasmate pairing in an inversion heterozygote in wheat (Triticum aestivum L.)" byl uveřejněn v časopisu Chromosoma. (full text)
  • Prosinec 12, 2018: Náš článek "Misdivision of telocentrics and isochromosomes in wheat" byl přijat do tisku v časopisu Cytogenetic and Genome Research. (full text)
  • Září 2018: Marco Mendes, PhD student z Brazílie se připojil k naší skupině.


Volné pozice:


Disertační práce: Genetické a epigenetické změny asociované s allopolyploidizací u rostlin


Anotace: Alopolyploidizace je jedním ze základních mechanismů speciace rostlin. Sloučení genomů pocházejících ze dvou různých druhů umožňuje kombinovat agronomicky významné znaky z obou rodičů. Mezidruhová hybridizace se tak stala významným šlechtitelským nástrojem. Nově vytvoření rostlinní kříženci však podstupují řadu genetických a epigenetických změn souhrnně označovaných jako genomový šok. Studium těchto změn u rostlinných kříženců (kostřava x jílek) bude hlavní náplní této PhD práce. Student(ka) bude využívat bioinformatické nástroje k analýze genové exprese a epigenetických regulací v křížencích v průběhu působení abiotických stresů a v kontrolních podmínkách. Práce vyžaduje alespoň základní informatické dovednosti a zájem učit se novým technikám a postupům. Podmínkou je magisterský titul v biologických vědách či v informatice. Kontaktujte nás na emailu kopecky@ueb.cas.cz


Další možnosti (Bakalářské a Disertační práce): Pokud jste zapáleni do práce a ochotni trávit volný čas v laboratoři, neváhejte nás kontaktovat na kopecky@ueb.cas.cz

Členové skupiny

Vedoucí vědecký pracovník
RNDr. David Kopecký, Ph.D.
Postdoktorand
Jana Szecówka (Kneřová) Ph.D.
postdoc
Marek Szecówka Ph.D.
PhD student
Mehrdad Shahbazi MSc.
Postdoktorand
Mgr. Alžběta Doležalová, Ph.D.