Skupina Šimková
Naše skupina se zaměřuje na analýzu složitých genomů obilovin, zejména ječmene, s hlavním cílem objasnit vztah mezi organizací chromatinu a genovou expresí. Pomocí techniky optického mapování pomáháme vytvářet kvalitní celogenomové sekvence, které jsou předpokladem pro analýzu genové transkripce a její regulace. Regulační elementy – promotory, zesilovače a zeslabovače – vyhledáváme a studujeme za pomoci pokročilých molekulárně biologických technik, zejména celogenomového profilování epigenetických značek napříč genomem, a analýzy evoluční konzervovanosti sekvencí DNA. Aktivita genů je významně ovlivněna i uspořádáním chromatinového vlákna v prostoru buněčného jádra, proto se věnujeme analýze chromatinových interakcí a jejich proměnám napříč rostlinnými pletivy i v průběhu buněčného cyklu. Zajímáme se zejména o regulátory, které ovlivňují vývoj rostliny a odolnost proti nepříznivým klimatickým podmínkám. Vytvořené soubory dat jsme zpřístupnili vědecké komunitě prostřednictvím interaktivní databáze a prohlížeče – BarleyEpiBase. Výsledky našeho výzkumu lze využít k vylepšení obilovin technikami molekulárního šlechtění.