Mapování regulátorů transkripce v embryu ječmene

Kategorie
Vysokoškoláci
Skupina
Skupina Šimková
Určeno magisterským studentům se začátkem studia v roce 2020

Popis

Téma a cíle:

  • Genová exprese v různých typech buněk je řízena souhrou transkripčních faktorů a nekódujících regulačních elementů, zejména promotorů a enhancerů.
  • Enhancery (zesilovače) lze v genomu nalézt za pomoci transkriptomických a epigenomických technik, zejména ChIP-seq a ATAC-seq.
  • Diplomová práce pomůže objasnit procesy řídící vývoj zrna u obilovin.

Náplň práce:

  • Preparace embryí v různých stádiích vývoje
  • Analýza chromatinu metodami ChIP-seq a ATAC-seq
  • Základní bioinformatické zpracování získaných dat