Mapování regulátorů transkripce v embryu ječmene

Téma a cíle:

• Genová exprese v různých typech buněk je řízena souhrou transkripčních faktorů a nekódujících regulačních elementů, zejména promotorů a enhancerů.
• Enhancery (zesilovače) lze v genomu nalézt za pomoci transkriptomických a epigenomických technik, zejména ChIP-seq a ATAC-seq.
• Diplomová práce pomůže objasnit procesy řídící vývoj zrna u obilovin.

Náplň práce:

• Preparace embryí v různých stádiích vývoje
• Analýza chromatinu metodami ChIP-seq a ATAC-seq
• Základní bioinformatické zpracování získaných dat

Školitelé:

Mgr. Pavla Navrátilová, Ph.D.
Ing. Hana Šimková, CSc.