Skupina Šimková

     Hlavním cílem naší skupiny je analýza složitých genomů obilovin, jako jsou pšenice, ječmen a žito. Ke zjednodušení velké a komplikované dědičné informace těchto plodin využíváme unikátního postupu vyvinutého v naší laboratoři – třídění jednotlivých chromozomů za použití průtokové cytometrie. Tímto způsobem jsme v minulosti připravili materiály, které usnadnily přečtení celého genomu pšenice nebo pomohly k identifikaci genu pro rezistenci k mšici zhoubné u této plodiny.
     V současné době se zaměřujeme zejména na studium dynamiky a evoluce genů pro ribozomální RNA u obilovin. Kromě třídění chromozomů k tomu využíváme moderních technik, jako je optické mapování, sekvenování DNA technologií třetí generace nebo sekvenování RNA. Dále se zabýváme studiem trojrozměrného uspořádání chromatinu v buněčném jádře. V budoucnu bychom rádi objasnili složitý vztah mezi organizací chromatinu a genovou expresí.